日本コンピュータ化学会では，初学者でも効率的に学べるSCCJ講習会を企画いたしました。生体分子や高分子材料などへの現象の理解・解明に、分子動力学法が数多く利用されております。今回、計算化学による分子動力学法の理解とその応用について学ぶスタートとして企画いたしました。初学者が、分子動力学計算の実行から結果の解析まで行えるような内容になっております。

記

• 講座名： 日本コンピュータ化学会（SCCJ）講習会－AMBER分子動力学入門講座
• 日　程： 2023年7月8日（土） 13:00-17:00
• 申込締切： 2023年6月30日（金）
• 場　所： オンライン開催
• 主　催： 日本コンピュータ化学会（SCCJ）
• 参加費： SCCJ会員：無料。尚、非会員の方で参加希望の場合、個人会員登録して頂ければ参加可能です。 登録は「入会・各種申し込み」の個人会員登録からどうぞ。
• 申し込み方法： 参加希望者は こちらのフォーム から申し込みをお願いいたします。（申込締切6月29日（木））
• 概　要：

  Amberは、生体分子シミュレーションプログラム群を含む分子動力学計算パッケージです。1970年代後半に開発され、活発な開発コミュニティによって維持されています。
Amberのモジュールは主に、

• 系の構築
• 系の緩和計算
• トラジェクトリーのサンプリング
• データの解析
を行うプログラム群で構成されています。本講習会では、上記内容を習得することを目的とした、講義と実習を行います。各ステップで計算を実行するために必要なプログラムの使用方法を学びます。
• タイムスケジュール：
  
  • 13:00-13:10 コンフレックス株式会社紹介
  • 13:10-13:30 Jupyter notebookの説明
  • 13:30-14:30 計算に必要なトポロジーおよび座標ファイルの作成
  • 14:30-15:00 分子動力学計算プログラムの計算設定入力ファイルの作成
  • 15:00-15:30 分子動力学計算プログラムの実行
  • 15:30-16:30 動力学計算結果の解析
  • 16:30-17:00 Amberを使用したケーススタディの紹介
  ※)質疑応答・休憩を適宜挟みます。
  
• 受講に必要な環境：
  

   Amberは、AmberTools22とAmber22の2つのパートで配布されています。AmberToolsはGPLのライセンス下において無償で利用可能ですので、Amberをお持ちでなくても無償のAmberToolsをインストールして本講義の内容を実行することが可能です。

   Amberはソースコードでの提供となりますが、

  • macOS (Intel, Apple Silicon)
  • Linux
  • WindowsのWSL環境
  で動作確認が行われています。WindowsのWSL環境は、Microsoft Storeから無償でインストールできます。

   本講義では、AmberToolsおよびそれに含まれるJupyter notebookを利用して行います。Jupyter notebookは、Webブラウザー上でプログラミング言語をインタラクティブに実行できる環境です。

   実行内容は自動で文書化されますので、ファイルの共有や再利用が可能となります。AmberToolsをインストールすることによってJupyterと専用モジュールが導入されますので、notebook内でシミュレーションの準備・実行・解析を行うことが可能となります。講習会当日使用するAmberTools等のインストール方法は、申込者宛にあらかじめお送りします。

   さらにサードパーティ製のモジュールを追加インストールすれば、分子構造の可視化なども行うことができます。