総説

生体分子の分子動力学シミュレーション (2) 応用

古明地 勇人a, b ,c*, 田島 澄恵d, e, 原口 誠d, 高橋 伸幸f, 上林 正巳c, 長嶋 雲兵a

a産業技術融合領域研究所, 〒305-8562 つくば市東1-1-4
b電子技術総合研究所, 〒305-8568 つくば市梅園1-1-4
c生命工学工業技術研究所, 〒305-8566 つくば市東1-1
d(株)ベストシステムズ, 〒305-0047 つくば市千現2-1-6
eお茶の水女子大学理学部情報科学科, 〒112-8610 文京区大塚2-1-1
f北海道教育大学函館校物理学教室, 〒040-8567 函館市八幡町1-2
*e-mail:

(Received: February 8, 2000; Accepted for publication: March 14, 2000; Published on Web: July 13, 2000)

  分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH(Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules)を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。

キーワード: Program for Energetic Analysis of bioCHemical molecules (PEACH), Molecular Dynamics (MD), Protein, DNA


Abstract in English

Text in Japanese

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