ルックアップテーブルを用いたタンパク質配列の比較アルゴリズム

中山伸一*、吉田政幸

(Received : August 5, 1996 ; Accepted for publication : October 7, 1996)

　Murataのアルゴリズムにルックアップテーブルの考え方を導入することにより、同種アミノ酸配列だけの対応を考慮するタンパク質配列比較アルゴリズムを考案した。このアルゴリズムは、Murataのアルゴリズムに比べて、演算が１０倍ほど高速に行え、ギャップペナルティーを１８にした時にほぼ同じアラインメントを得ることができた。また、FASTAより２、３倍演算は遅いが、より精度の高い類似度を与えることも明らかにした。

Keywords: alignment, similarity score, amino acid sequence, maximum array, lookup table

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